**Установка PRADIOS для работы в Shared memory parallel processing (SMP) режиме для Debian/Ubuntu20.04/Astra linux**
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

1. **Установка пререквизитов (g++-11, gcc-11, gfortran)**

Для корректной работы PRADIS в системе должны быть установлены g++-11,
gcc-11, gfortran

2. **Установка PRADIOS**

-  Помещаем архив PRADIOS.tar.gz и скрипт PRADIOS_INSTALL.sh в
   директорию, в которую хотим установить PRADIOS

Например, в /home/username/PRADIOS, где /home/username - домашняя папка
пользователя

-  Запускаем скрипт распаковки архива и создания переменных среды

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS_INSTALL.sh

Обязательно, после работы установщика перезапускаем терминал, например,
командой

.. code-block:: bash

    $ bash

3. **Запуск на расчёт**

-  Переходим в директорию /PRADIOS/exec в которую была установлена
   программа запуска

.. code-block:: bash

    $ cd ./PRADIOS/exec

-  Вводим в терминале команду для запуска расчета

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS SMP [файл_расчета]

Пример: 
.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS SMP DBEND_44

Имя файла расчёта должно иметь формат: [ROOTNAME]\_[RUNNUMBER].rad

где:

| ROOTNAME имя набора данных
| RUNNUMBER номер прогона состоящий из 4 цифр,
| Например

DBEND_44_0000.rad

DBEND_44_0001.rad

4. **Принцип работы**

..

   |image1|

   Рисунок 1 – схема работы

**
**

**ЗАПУСК С MPI и OpenMPI**
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

1. **Установка пререквизитов (g++-11, gcc-11, gfortran)**

Для корректной работы PRADIS в системе должны быть установлены g++-11,
gcc-11, gfotran

2. **Установка PRADIOS**

-  Помещаем архив PRADIOS.tar.gz и скрипт PRADIOS_INSTALL.sh в
   директорию, в которую хотим установить PRADIOS

Например, /home/username/PRADIOS, где /home/username - домашняя папка
пользователя. В случае установки PRADIOS на вычислительном кластере,
требуется поместить проект в директорую, доступ к которое есть у всех
узлов кластера (подробнее в инструкции по установке OpenMPI).

-  Запускаем скрипт распаковки архива и создания переменных среды

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS_INSTALL.sh

Обязательно, после работы установщика перезапускаем терминал, например,
командой

.. code-block:: bash

    $ bash

В ходе установки предполагается, что OpenMPI установлен в директорию
**/opt/openmpi**

3. **Запуск PRADIOS с P MPI-процессами и N потоками**

-  Вводим в терминале команду задающую количество потоков на ядро

$ export OMP_NUM_THREADS=[N]

ПРИМЕР: 

.. code-block:: bash

    $ export OMP_NUM_THREADS=2

-  Переходим в директорию /PRADIOS/exec в которую была установлена
   программа запуска

-  Вводим в терминале команду для запуска расчета

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS [input mod] [input file] [number of process] [number of
threads]

Или

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS [input mod] [input file] [number of process] [number of
threads] [дополнительные ключи]

ПРИМЕР: 

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS MPI DBEND_44 2 2

файл_расчёта должен иметь формат: [ROOTNAME]\_[RUNNUMBER].rad

где:

| ROOTNAME имя набора данных
| RUNNUMBER номер прогона состоящий из 4 цифр

DBEND_44_0000.rad

DBEND_44_0001.rad

4. **Запуск PRADIOS с P MPI-процессами и N потоками на вычислительном
   кластере**

-  Вводим в терминале команду задающую количество потоков на ядро

$ export OMP_NUM_THREADS=[N]

ПРИМЕР: 

.. code-block:: bash

    $ export OMP_NUM_THREADS=2

-  Установка PRADIOS должна быть в общую папку (подробнее см. п. 2)

-  Переходим в директорию /PRADIOS/exec в которую была установлена
   программа запуска

-  Создаем machinefile содержащий данные хоста

.. code-block:: bash

    $ nano machinefile

Пример содержания

.. code-block:: bash

    10.1.20.1:1
    10.1.20.2:1

[ip адрес машины]:[число ядер выделенных под расчет]

-  Вводим в терминале команду для запуска расчета

.. code-block:: bash

    $ ./PRADIOS [input mod] [input file] [number of process] [number of
threads][подключаем узлы кластера]

ПРИМЕР: $ ./PRADIOS MPI DBEND_44 2 2 --hostfile machinefile

|image2|

   Рисунок 2 – схема работы на кластере

5. **Принцип работы**

..

   |image3|

   Рисунок 3 – схема работы

**Команды для конвертации выходных данных после работы программы в VTK(визуализация симуляции)**
================================================================================================

Вводим в терминале команду

.. code-block:: bash

    ./anim_to_vtk_linux64_gf [Deck Rootname]A001 > [Deck Rootname]_001.vtk
    ./anim_to_vtk_linux64_gf [Deck Rootname]A002 > [Deck Rootname]_002.vtk
    
    ...
    
    ./anim_to_vtk_linux64_gf [Deck Rootname]A002 > [Deck Rootname]_002.vtk

**Команды для конвертации выходных файлов после работы программы в time history**
=================================================================================

Вводим в терминале команду

.. code-block:: bash

    ./th_to_csv [TimeHistory_File]

.. |image1| image:: ./media/image1.jpeg
   :width: 5.688in
   :height: 3.0549in
.. |image2| image:: ./media/image2.jpeg
   :width: 6.49653in
   :height: 3.65303in
.. |image3| image:: ./media/image1.jpeg
   :width: 5.49527in
   :height: 2.768in